I comandi sono quelli classici delle reflex Nikon di fascia consumer: il selettore rotante posto sulla parte superio- re dell'apparecchio permette di selezionare la modalità di ripresa mentre alcune regolazioni, come quella del tempo di scatto nella modalità a priorità di tempi, si effettuano tramite la ghiera sul dorso, facilmente accessibile con il pollice della mano destra. Tutte le impostazioni più rilevanti ai fini della ripresa (formato delle immagini, bilanciamento del bianco, metodi di lettura esposimetrica, area autofocus e così via) sono accessibili premendo uno dei pulsanti posti sul dorso dell'apparecchio, rendendo più immediata la regolazione. Quella di uso più frequente può essere assegnata al pulsante Func, collocato sul frontale a fianco dell'attacco delle ottiche, in posizione alla portata delle dita della mano sinistra, ma solo nel caso della sensibilità è possibile effettuare la regolazione senza dover staccare l'occhio dal mirino. In tutti gli altri casi, la regolazione deve essere fatta aiutandosi con le indicazioni riportate sul display.
Le modalità di ripresa programmata di uso più frequente (ritratto, paesaggio, bambini, sport, macro e ritratto notturno) si impostano direttamente con il selettore rotante mentre le altre si selezionano con la solita ghiera, dopo aver posizionato il selettore su Scene. In questo caso, sul display viene visualizzata un'immagine di riferimento rappresentativa: in tutto sono 19 le modalità di ripresa programmata previste, mettendo così in grado anche i fotografi meno esperti di affrontare con successo la maggior parte delle situazioni. Al contrario, ai fotografi che vogliano avere un controllo completo sul risultato, la Nikon D5000 riserva tutta una serie di regolazioni tipiche delle fotocamere di fascia professionale. Ad esempio nel caso del bilanciamento del bianco ogni modalità predefinita può essere regolata finemente e per le lampade fluorescenti sono presenti ben sette impostazioni di base, ognuna delle quali può essere regolata a sua volta. Il menu delle personalizzazioni è suddiviso in cinque categorie principali per un totale di oltre venti diverse opzioni, e quelle effettuate più di recente sono raccolte nel relativo menu, in modo da rendere più immediate successive modifiche. Per tutte le voci è possibile ottenere una sommaria descrizione premendo il pulsante con il punto di domanda per cui il ricorso al corposo manuale è ridotto al minimo.
